对于大多数蛋白质来说多肽链翻译后还要进行下列不同方式的加工修饰才具有生理功能.
1.氨基端和羧基端的修饰：在原核生物中几乎所有蛋白质都是从N-甲酰蛋氨酸开始,真核生物从蛋氨酸开始.甲酰基经酶水介而除去,蛋氨酸或者氨基端的一些氨基酸残基常由氨肽酶催化而水介除去.包括除去信号肽序列.因此,成熟的蛋白质分子N-端没有甲酰基,或没有蛋氨酸.同时,某些蛋白质分子氨基端要进行乙酰化在羧基端也要进行修饰.
2.共价修饰：许多的蛋白质可以进行不同的类型化学基团的共价修饰,修饰后可以表现为激活状态,也可以表现为失活状态.主要有磷酸化,糖基化,羟基化,二硫键的形成和亚基的聚合等等