A、多倍体育种过程不一定要使用秋水仙素，也可以采用低温诱导的方法，故A错误；
B、基因工程是指按照人们的意愿，进行严格的设计，并通过体外DNA重组和转基因等技术，赋予生物以新的遗传特性，从而创造出更符合人们需要的新的生物类型和生物产品．可见，基因工程能定向培育生物新品种，故B正确；
C、用于大田生产的优良品种不一定是纯合子，如水稻存在杂种优势，用于大田生产的是杂合子，故C错误；
D、杂交育种的原理是基因重组，而单倍体育种的原理是染色体变异，故D错误．
故选：B．