PCR反应的缓冲液的目的是给Taq DNA聚合酶提供一个最适酶催反应条件.目前最为常用的缓冲体系为10-50mmol/L Tris-HCl (pH8.3-8.8,20℃) Tris是一种双极性离子缓冲液,20℃时其pKa值为8.3,△pKa值为-0.021/℃.因此,20mmol/l Tris-HCl(pH8.3,20℃)在实际PCR中,pH变化于6.8-7.8之间.改变反应液的缓冲能力,如将Tris浓度加大到50mmol/L,pH8.9,有时会增加产量.
反应混合液中50mmol/L以内的KCl,pH8.9有利于引物的退火,50mmol/l NaCl或50 mmol/L以上的KCl则抑制Taq DNA聚合酶的活性.有些反应液中以NH+4代K+,其浓度为16.6mmol/L.反应中加入小牛血清白蛋白（100μg/ml）或明胶（0.01%）或Tween 20（0.05% ～0.1%）有助于酶的稳定,反应中加入5mmol/l 的二硫苏糖醇（DTT）也有类似作用,尤其在扩增长片段（此时延伸时间长）时,加入这些酶保护剂对PCR反应是有利的.