A、西瓜的红瓤和黄瓤只是一对相对性状，不能体现基因对生物体性状的直接控制，A错误；
B、基因表达存在于个体发育的任何时期，B错误；
C、杂种植株自交后代出现性状分离的根本原因是基因分离，C错误；
D、表现型是由基因和环境共同决定的，D正确．
故选：D．