The owner of the shop （主语）
came（谓语）
to see（came的目的是see.所以叫动词不定式做目的状语）
what the matter was（因为see后面必须跟宾语.所以what引导的宾语从句.宾语从句用陈述句语序.所以是the matter was）对的。没有what the matter was只有what was the matter what is the matter?的句子成分，在这个句子里，what是主语，is是系动词,the matter作表语。就像what is wrong?一样，本就是陈述语序，所以它们作名词性从句时仍然用这样的语序，这一点是没有疑问的。也就是说I know what is the matter.肯定是正确的。对于I know what the matter is.对不对呢，由于长久以来很多人(包括国外)都这么说，所以在口语中I know what the matter is.也是正确的，但不符合语法。所以在做语法题时，最好选I know what is the matter.这样的语序。这道题在我做题的时候遇到的当时选错了。所以记住这种句子只选what was the matter 因为这就是陈述句语序。懂了吗？？