马达蛋白分为两大类：微管马达蛋白和肌球蛋白.微管马达蛋白有驱动蛋白（Kinesin）和动力蛋白（Dynein）两个家族；肌球蛋白又称微丝马达蛋白.这几类马达蛋白都是以细胞骨架为路径来运输物质,其中肌球蛋白在微丝运输物质,而驱动蛋白和动力蛋白则在微管上运输物质.