限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上,并切割双链DNA.切割位置大多数在内部,但也有在外部的.But,它不切细菌自身的基因,只切外源基因.所以说限制性内切酶是用来保护细菌自身的.
具体操作就是用限制性内切酶切出一段我们需要的外源基因作为目的基因,他切的就是我们想要表现出来的好基因.限制性内切酶常常伴随一到两种修饰酶（甲基化酶）出现.后者的作用是保护细胞自身的DNA不被限制性内切酶破坏.