氨基酸的极性取决于侧链基团,如果侧链是不对称的极性基团,这个氨基酸就是极性氨基酸.
极性氨基酸包括：带电荷的五种,再加上Gly,Ser,Thr,Cys,Asn,Gln,Tyr.带有羟基、巯基、酰胺等极性基团,自然就是极性的.如果侧链只是碳、氢构成的烃链,就是非极性的.
一般说来,极性和亲水是一致的,但对于氨基酸,则不能笼统地说,“极性氨基酸可看作是溶于水的氨基酸,反之,则不易溶于水”.如果说非极性基团或侧链不溶于水还差不多.因为氨基酸本身是两性离子,所以多数氨基酸都是可溶的,包括非极性氨基酸.非极性氨基酸整个分子还是极性的,只有侧链是非极性的.