土著微生物是自然农业五种基本材料之一,是以土壤为自己的栖息地,是千百年来生长在当地土壤里的微生物群体,坚守着自己生活领域的微生物.自然农业不使用外地引进的微生物,同时也不使用运用机械化方式人工培养出来的微生物或加以提取分离出来的微生物.因为再也没有比长期生长在当地的土著微生物更能适应当地的环境.自然农业禁止使用工艺生产和提纯的微生物,提倡使用生活在本地区土壤的微生物群落.
光合细菌：固定碳素
酵母菌：分解糖类
乳酸菌：在嫌气状态下有效分解
放线菌：抑制病害