A、性状由基因决定，因此化验分析其化学成分不能判断其基因型，A错误；
B、让其与白色玉米杂交可判断其基因型，但保持其遗传特性，B错误；
C、要判断其基因型可采用测交法和自交法，但要保持其遗传特性，应采用自交法，即进行同株异花传粉，观察果穗上玉米粒色，C正确；
D、玉米是单性花，不能进行自花传粉，D错误．
故选：C．