①变异是不定向，①错误；
②DNA连接酶把目的基因与运载体粘性末端的磷酸与脱氧核糖连接成磷酸二酯键，而不是将碱基对连接起来，②错误；
③蛋白质中的氨基酸序列可为合成目的基因提供资料，先推知mRNA中的密码子序列，再推知目的基因中的脱氧核苷酸序列，③正确；
④受精卵能直接发育成新的个体，是理想的受体，④正确；
⑤该羊的产生没有用到核移植技术，直接由受精卵发育而成，⑤错误；
⑥该羊的产生要先进行早期胚胎培养，然后进行胚胎移植技术，⑥正确．
所以相关叙述正确的是③④⑥．
故选：B．