你确定是两个不同的基因吗?会不会是同一基因的不同的可变剪切类型是根据模式生物的不同基因的片段对得到的转录组进行blast查找，结果显示找到的是同样的序列。或者就是你的那两个的基因不完整，可能是同一基因的的两个片段