霉菌属于真菌,是一种真核生物,因此霉菌的菌丝中有细胞核.而且有一大类霉菌的菌丝是有间隔的(细胞分裂的结果),只有很少的一些种类具有无隔菌丝.而放线菌则是一种原核生物,其细胞内没有真正的核,而且在一般情况下从不形成有隔菌丝,只在产生孢子时才产生间隔.
另外,霉菌的菌丝比放线菌菌丝要粗.