A、发酵罐中的微生物如果是需氧微生物，则必须通入无菌空气，如果是厌氧微生物，则不能通入无菌空气，A错误；
B、不经处理排放的废弃培养液中含有大量的发酵微生物，是一种污染物，B正确；
C、培育新菌种，增加了分解者的种类，可用于分解更多种类的有机污染物，C正确；
D、发酵工程主要应用于医药工业、食品工业和环境科学领域，D正确．
故选：A．