A、灭菌的目的是防止杂菌污染，A正确；
B、灭菌使用强烈的理化因素杀死物体内外所用的微生物（包括芽孢和孢子），B错误；
C、发酵过程中培养基和发酵设备都必须灭菌，发酵作用的微生物是灭菌后专门接种的，C正确；
D、灭菌必须在接种前进行，否则导致发酵采用的菌种被杀灭，D正确．
故选：B．