A、分子、原子都在不断的运动，正确；
B、原子是化学变化中的最小粒子，正确；
C、有的物质是由分子构成的，有的物质是由原子直接构成，例如金属单质、稀有气体，正确；
D、分子在化学反应中分解为原子，原子再重新组合成其它物质的分子，错误．
故选：D．