A、构成物质的微粒有分子、原子、离子，所以原子能直接构成物质，正确；
B、分子的体积和质量不总比原子的体积和质量大，所以分子比原子大，错误；
C、原子是化学变化中的最小微粒，原子在化学变化中不能再分，所以选项错误；
D、原子之间有间隔，所以选项错误．
故选：A．