A、分子、原子都在不断的运动，正确；
B、有的物质是由分子构成的，有的物质是由原子直接构成，例如金属单质、稀有气体，正确；
C、原子是化学变化中的最小粒子，但原子是由质子、中子和电子构成，不正确；
D、分子是保持物质化学性质的最小微粒，正确．
故选：C．