A、每个DNA分子中一般都会含有四种脱氧核苷酸，A正确；
B、DNA分子的基本组成单位是脱氧核苷酸，每分子脱氧核苷酸由一分子脱氧核糖、一分子磷酸和一分子含氮碱基组成，因此每个DNA分子中，都是碱基数=磷酸数=脱氧核苷酸数=脱氧核糖数，B正确；
C、双链DNA分子中，碱基之间的配对遵循碱基互补配对原则，且互补配对的碱基数目相等，因此双链DNA分子的一段，若含有40个腺嘌呤就一定会同时含有40个胸腺嘧啶，C正确；
D、在DNA分子中，一个脱氧核糖可连接一个含氮碱基和两个磷酸，D错误．
故选：D．