丙酮酸是在一元羧酸转运酶(丙酮酸转运酶)的帮助下进入线粒体,不需要消耗能量,相当于协助扩散（协同运输）.线粒体内膜的这个载体是一种特殊的顺氢离子浓度的质子泵,它把所释放的能量与ATP合成偶联起来,将氢离子、ATP、丙酮酸等送过膜去.
不过要说清楚,这里是在线粒体的内膜上,外膜对于1000D以下的分子是通透的,而丙酮酸只有90D.
丙酮酸通过自由扩散通过外膜；
内膜是丙酮酸转运酶协助扩散转进去的.