这个句子包含多种从句.
1.主句为“主系表”结构.主语是the assumption,系动词是has always been,表语是一个由that引导的表语从句.
2.在由that引导的表语从句中,the problems with reading是表语从句的主语,were是系动词,educational issues是表语.with what引导的定语从句用来修饰educational issues.
3.with what引导的定语从句中,what作定语从句的形式主语,is为系动词,the right way是表语,to引导的不定式是定语从句的真正主语.when引导的从句是这个定语从句中的状语从句.
这句话的翻译是：人们一直猜测阅读有困难就是因为教育不得当,即无法将声音与字母联系起来来讲解阅读.（这是意译的,感觉更容易理解）