以前认为是一级结构决定的,但是朊病毒的存在挑战了序列决定结构的说法.影响蛋白质的空间结构的因素有很多：
1 氨基酸序列和二硫键无疑是相当重要的因素.
2 蛋白质的翻译后修饰也会显著影响蛋白质构象,例如很多蛋白（包括著名的G蛋白）是通过磷酸化与否来调节其构象变化,从而调节其功能的.
3 蛋白质折叠过程中是否有分子伴侣辅助折叠也会影响其最终构象.
4 与蛋白结合的底物和配基等能改变其构象.诱导契合理论说的就是底物与蛋白相互作用如何改变蛋白构象,从而使蛋白起到催化剂的功能.
5 蛋白与蛋白之间的相互作用也会改变蛋白构象.例如血红蛋白各亚基之间的协同效应.
6 蛋白质所处的化学环境,如pH,离子强度,亲疏水性,温度等等也能影响蛋白质的空间结构