①染色体的主要组成成分是蛋白质和DNA，①正确；
②各种生物膜的主要组成成分是蛋白质和磷脂，②正确；
③细胞的主要能源物质是糖类，不是蛋白质，③错误；
④绝大多数酶的本质是蛋白质，④正确；
⑤性激素的本质是脂质中的固醇类物质，不是蛋白质，⑤错误；
⑥有些蛋白质对于进行细胞间信息传递，调节细胞代谢具有重要功能，如蛋白质类的激素，⑥正确．
故选：D．