①有氧呼吸的第一阶段在细胞质基质中进行，第二、三阶段在线粒体中进行，细胞膜已破裂的酵母细胞具备细胞质基质和线粒体，能够完成有氧呼吸的过程，有二氧化碳产生，①正确；
②有氧呼吸的第二阶段在线粒体中进行，反应物是丙酮酸和水，葡萄糖不能直接参与第二阶段的反应，因此虽然具有产生二氧化碳的场所，但缺少反应物，不能产生二氧化碳，②错误；
③丙酮酸和线粒体，具备有氧呼吸第二阶段的反应物和场所，可以产生二氧化碳，③正确；
④酵母菌在细胞质基质中利用葡萄糖进行无氧呼吸，产生酒精和二氧化碳，④正确；
⑤酵母菌在隔绝空气条件下能进行无氧呼吸，但只在细胞质基质中加入丙酮酸，缺少葡萄糖分解成丙酮酸时产生的[H]，因而不能产生CO₂，⑤错误．
所以在适宜温度条件下，会产生CO₂的试管有①③④．
故选：C．