A、基因突变是生物变异的根本来源，A错误．
B、基因重组不能形成新基因，但能形成多种基因型，B正确；
D、基因重组发生在有性生殖过程，是一种可遗传变异，C正确；
D、非同源染色体上的非等位基因发生自由组合属于基因重组，D正确．
故选：A．