A、红眼果蝇中偶然出现白眼属于基因突变，A错误；
B、在致癌因子的作用下，原癌基因和抑癌基因发生突变，导致细胞癌变，属于基因突变，B错误；
C、通过杂交育种获得矮杆抗病个体，原理是基因重组，C正确；
D、通过嫁接使一棵树上开许多颜色的花就行无性繁殖，不能进行基因重组，D错误．
故选：C．