A、草履虫是一种原生动物，属于真核生物；
B、念珠藻是一种蓝藻，属于原核生物；
C、水绵是一种低等植物，属于真核生物；
D、酵母菌是一种真菌，属于真核生物．
由此可见，念珠藻的结构与其他三种生物存在明显差异．
故选：B．