A、丙酮酸的组成元素只含有C、H、O，A错误；
B、核苷酸的组成元素为C、H、O、N、P，B正确；
C、氨基酸的组成元素有C、H、O、N元，不含有P元素，C错误；
D、脂肪酸的组成元素只含有C、H、O，D错误．
故选：B．