如果你切的是PCR产物的两端,那么跑胶是看不出来区别的.选择这样只是因为方便,酶切的效率要取决于保护碱基、酶的质量等等,一般根据经验切完之后,挖胶回收,如果产物带很特异的话,直接PCR产物回收也可以（方便）,都可以达到纯化的目的,这也就是你说的意义了.
碰到酶切效率不高的情况,我们会先把目的片段克隆到T载体上,然后再切T载体,跑胶回收.这样就可以清晰的看到被切下来的目的片段,麻烦一些,但是很确定.