A、人的次级精母细胞处于后期时，细胞中含有46条染色体，A错误；
B、人的次级精母细胞处于后期时，细胞中含有46条染色体，B错误；
C、减数第一次分裂后期，同源染色体分离，因此减数第二次分裂过程，细胞中不含同源染色体，C错误；
D、人的次级精母细胞处于后期时，细胞内染色体组成为44+XX或44+YY，D正确．
故选：D．