come along是指天长日久自然而然地发生的,就好像你感冒了,流涕\咳嗽就会come along一样.通常指的是伴随发生的意思.没有come up那样的突然,意外的意思.
而come up指的是突然出现,突然来到的意思.比方说一个idea comes up了,那就是头脑突然出现一个灵感的意思.