A、基因工程是分子水平上的生物工程，A错误；
B、基因工程使重组基因在受体细胞内表达，产生出人类所需要的基因产物，但并不是所有的基因产物对人类都是有益的，B错误；
C、基因工程产生的变异属于基因重组，C错误；
D、根据基因工程的定义可知，基因工程能够定向改变生物的性状，因此目的性较强，D正确．
故选：D．