A、分子和原子不能比较大小，但由原子构成的分子，其一个分子比构成它的原子大，故A错误；
B、分子与原子的本质区别是：在化学反应中，分子可分，而原子却不能再分，故B正确．
C、有的物质是由分子构成，有的物质是由原子构成，有的物质是由离子构成，故C错误；
D、分子能保持该物质的化学性质，由原子构成的物质，原子也能保持物质的化学性质，故D错误；
故选B．