本州,就是指国都所在地.
四国,指在该岛有四个国.国是日本古代的行政区划单位,基本等同于中国古代的州.四国岛上有四个行政区划,所以称四国.
九州,岛上有九个行政区划,所以称九州.
北海道,道是日本古代一块区域的称呼,一个道包括好几个国,比较出名的有东海道,东山道等等,北海道是日本最北的一个道,只包括北海道岛,所以称该岛为北海道岛.