分子（Molecule）是能单独存在、并保持纯物质的化学性质的最小粒子.分子的概念最早是由意大利的阿莫迪欧·阿伏伽德罗提出,他于1811年发表了分子学说 ,认为：“原子是参加化学反应的最小质点,分子则是在游离状态下单质或化合物能够独立存在的最小质点.分子是由原子组成的,单质分子由相同元素的原子组成,化合物分子由不同元素的原子组成.化学变化的实质就是不同物质的分子中各种原子进行重新结合.”
原子（atom）指化学反应的基本微粒,原子在化学反应中不可分割.原子直径的数量级大约是10^-10m.原子质量极小,且99.9%集中在原子核.原子核外分布着电子电子跃迁产生光谱,电子决定了一个元素的化学性质,并且对原子的磁性有着很大的影响.所有质子数相同的原子组成元素,每一种元素至少有一种不稳定的同位素,可以进行放射性衰变.原子最早是哲学上具有本体论意义的抽象概念,随着人类认识的进步,原子逐渐从抽象的概念逐渐成为科学的理论.原子核以及电子属于微观粒子,应该用构成.