清军收复新疆战争的胜利,彻底粉碎了英俄企图利用阿古柏肢解和侵吞中国西北领土的阴谋.沙俄迫于阿古柏侵略势力已彻底失败、左宗棠正积极部署进军伊犁的形势,同意与清政府举行谈判.经过长期反复交涉,于1881年签订《中俄伊犁条约》.中国收回了伊犁和特克斯河上游两岸领土（霍尔果斯河以西地区和北面的斋桑湖以东地区却被沙俄强行割去）,从而使新疆各族人民免遭殖民统治,重回祖国怀抱.