A、位于一对同源染色体上的多对等位基因，它们遵循基因分离规律，但不一定遵循自由组合规律，A错误；
B、若M表示伴X隐性遗传，母亲患病，则儿子一定患病，B错误；
C、由于密码子的简并性等原因，基因突变不一定会改变生物的性状，C错误；
D、生物进化的实质是种群基因频率的改变，若M表示生物的进化，则N表示基因频率的改变，D正确．
故选：D．