A、变形虫是原核生物，有细胞结构，A错误；
B、酵母菌是真核生物，有细胞结构，B错误；
C、衣藻是真核生物，有细胞结构，C错误；
D、烟草花叶病毒是病毒，没有细胞结构，D正确．
故选：D．