真核:由alpha及beta两种次单元组成的微管蛋白构成的9+2构造(基体为9+0),直径约为0.25微米,有细胞膜包覆,由ATP的能量驱动动力蛋白摆动鞭毛
原核:由蛋白质所组成,直径只有真核的十分之一,无细胞膜包覆,藉由胞膜两侧的氢离子浓度差来转动鞭毛