A、元素是宏观概念，只讲种类，不讲数目，故A错误．
B、CO₂是由二氧化碳分子构成的，SO₂是由二氧化硫分子构成的，MnO₂是由二氧化锰分子构成的，只有氧气中含有氧分子，故B错误．
C、物质是宏观概念，物质中含有大量构成物质的粒子，不可能是2个，且三种物质都由分子构成的，故C错误．
D、CO₂由碳、氧两种元素组成，SO₂由硫、氧两种元素组成，MnO₂由锰、氧两种元素组成，三种物质的组成中都有氧元素，故D正确．
故选D．