A、酵母菌有氧呼吸的第三阶段[H]和氧结合产生水的同时产生大量的能量，A正确；
B、酵母菌的同化作用类型为异养型，不能将二氧化碳和水合成有机物，B错误；
C、丙酮酸变成酒精的同时产生能量和CO₂，不能产生H₂O，有水产生的呼吸作用为有氧呼吸，C错误；
D、氨基酸脱水缩合形成蛋白质，该过程一定产生水，D错误．
故选：A．