A、ATP是腺苷三磷酸，组成元素是C、H、O、N、P，染色体由蛋白质和DNA组成，含有C、H、O、N、P元素，质粒的本质是DNA，组成元素是C、H、O、N、P，NADPH也含有C、H、O、N、P元素，A正确；
B、线粒体、核糖体中含有RNA，因此含有核糖，酶的本质是蛋白质或RNA，可能含有核糖，B错误；
C、糖蛋白在细胞间的识别中具有重要作用，抗体能特异性识别抗原并与之结合，RNA聚合酶、限制性内切酶都能识别相应的底物并起催化作用，C正确；
D、一种病毒只含有一种核酸，4种碱基，4种核苷酸，D正确．
故选：B．