A、ATP是腺苷三磷酸,组成元素是C、H、O、N、P,染色体由蛋白质和DNA组成,含有C、H、O、N、P元素,质粒的本质是DNA,组成元素是C、H、O、N、P,NADPH也含有C、H、O、N、P元素,A正确;
B、线粒体、核糖体中含有RNA,因此含有核糖,酶的本质是蛋白质或RNA,可能含有核糖,B错误;
C、糖蛋白在细胞间的识别中具有重要作用,抗体能特异性识别抗原并与之结合,RNA聚合酶、限制性内切酶都能识别相应的底物并起催化作用,C正确;
D、一种病毒只含有一种核酸,4种碱基,4种核苷酸,D正确.
故选:B.