A、蓝细菌与菠菜细胞都含有核物质，A错误；
B、蓝细菌与菠菜细胞都含有核糖体，B错误；
C、蓝细菌与菠菜细胞都含有细胞壁，C错误；
D、蓝细菌是原核生物，没有核膜包围的成形的细胞核；菠菜是真核生物，有成形的细胞核，两者最大的区别是有无核膜，D正确．
故选：D．