用花药离体培养法可以得到单倍体，单倍体的体细胞中含有本物种配子染色体数目．根据题干信息“单倍体植株进行减数分裂时，染色体两两配对形成12对”可知，该单倍体细胞中含有两个染色体组，据此推知产生花药的马铃薯的体细胞中含有四个染色体组．
故选：C．