A、叶肉细胞每时每刻都要时进行呼吸作用，所以细胞质基质、线粒体基质可产生ATP，而光合作用时产生的ATP的场所是叶绿体基粒的囊状结构薄膜，故A错误；
B、环境中缺镁时叶绿素的合成减少，相同光照强度下光合作用速率会下降，故B正确；
C、b点与a点相比处于相同光照但CO₂浓度低，所以合成三碳化合物量较少，而二者产生的[H]和ATP一样多从而还原消耗的三碳化合物量相同，所以b点时叶绿体中三碳化合物含量较少，故C错误；
D、从图上可知a点与b点光合作用速率差异的原因是CO₂浓度的不同，故D错误．
故选：B．