三棱锥S-ABC的三条侧棱两两垂直，且SA=2，SB=SC=4，则该三棱锥的外接球，
就是三棱锥扩展为长方体的外接球，所以长方体的对角线的长度为：

22+42+42

=6，
所以该三棱锥的外接球的半径为：3．
故选A．