A、叶绿体色素不溶于水，而液泡中的色素能溶于水，所以用水为层析液可以将它们分离，故A正确；
B、葡萄糖和果糖均能溶于水中，所以用水不能将两者分离，故B错误；
C、叶绿素和类胡萝卜素均不溶于水，所以用水为层析液时，不能将它们分离，故C错误；
D、雄性激素和雌性激素属于脂质，均不溶于水，所以用水不能将两者分离，故D错误；
故选A．