A、淀粉酶的化学本质是蛋白质，蛋白质的合成场所是核糖体，故A正确；
B、RNA的合成主要发生在细胞核中，故B错误；
C、葡萄糖首先在细胞质基质中分解为丙酮酸，在有氧气的条件下丙酮酸会进入线粒体继续分解，而在没有氧气的情况下，丙酮酸会在细胞质基质中继续分解，故C错误；
D、硝化细菌属于原核生物，原核生物细胞结构中没有线粒体，因此该细菌的有氧呼吸发生在细胞质基质中，故D错误．
故选：A．