A、人体内的丙酮酸彻底氧化分解发生在线粒体中，A错误；
B、各种消化酶的本质是蛋白质，蛋白质合成的场所是核糖体，然后由内质网和高尔基体进行加工，B错误；
C、谷氨酸棒状杆菌属于原核生物，无线粒体，利用葡萄糖进行有氧呼吸的场所是质膜，C正确；
D、叶肉细胞中二氧化碳的固定发生在叶绿体中，D错误．
故选：C．