A．丙酮酸的彻底氧化分解是有氧呼吸的第三阶段，原核细胞没有线粒体，有氧呼吸均不在细胞器，A错误．
B．无论原核细胞还是真核细胞蛋白质的合成一定在核糖体上进行，B正确．
C．硝化细菌无线粒体，有氧呼吸也不在细胞器，C错误．
D．二氧化碳的固定属于光合作用过程，蓝藻等没有叶绿体，也能进行光合作用，D错误．
故选：B．